キーファー･サザーランド演じるトム･カークマンはアメリカ合衆国の下級閣僚だが、一般教書演説が行われている最中に起こった凄惨な連邦議会議事堂爆破事件後、突如として大統領に任命される。スリル満点のストーリーで、主人公カークマンは非常に不安定な政情の中で国を導きつつ、爆破事件の犯人を突き止め、崩壊に瀕した祖国と家族を守ろうと奮闘する。

連邦議会議事堂が爆破された後、カークマン大統領は混乱と混沌のさなか、最高司令官として大統領に就任する。危険な課題や敵に次々と直面しつつ、カークマンは崩壊に瀕した祖国を導こうと奮闘する。

カークマン大統領とスタッフたちは、初めてのテレビインタビューの際、ホワイトハウスに対し高度なセキュリティ侵害があったことを秘密にしようとする。一方、FBIは連邦議会議事堂爆破事件の捜査を続けていた。ハンナ・ウェルズ捜査官は、独自の論理を展開し、爆破事件の真犯人を捜索する。

カークマンは、事件の背後にいる人物について調べ、この事件だけでなく、次々と持ち上がるトラブルに対しても作戦を練りたいと考えていた。カークマンは、エミリーに国内の状況を監視するように要望。一方、アレックスは、国会議員のフックストラテンに協力を要請したことに手ごたえを感じる。

アルジェリアとの外交交渉が失敗に終わったことを認識したカークマン大統領は、大統領権限を明確にするため、海軍の特殊部隊であるネイビーシールを派遣するという難しい決断を下す。一方、連邦議会議事爆破事件の捜索も続いていた。ハンナ・ウェルズ捜査官は、答えよりも疑問が次々と浮かび、苦戦している。

州知事サミットが行われているホワイトハウスに銃声が鳴り響く。これにより、カークマン大統領の新たな議会選出を行う計画が狂ってしまう。一方、議事堂爆破事件の捜査を続けるハンナ･ウェルズ捜査官は、新たな事実を発見。今までにないほどの衝撃を受ける。

一人のアメリカ人陸上コーチがロシアに向かっている時、カークマン大統領は、CIAとロシア政府との人質交換に関する交渉を推し進める。一方、議事堂爆破事件を担当するハンナ・ウェルズ捜査官とアトウッド副長官は、捜査の中でアトウッドと彼の家族の命を危険にさらす情報を発見する。

新しい下院議員を選出する選挙の前夜、予期せぬ事態によりカークマン大統領は、選挙をキャンセルすることを検討しなければならなくなる。一方、マジード・ナサールの死についてのニュースが漏洩し、カークマンは、事態収拾に追われる。

政府の機密文書がネット上に流出。カークマン大統領は文書を流出させた当事者を捜すが、彼らは外国の大使館に避難してしまい、捕まえることができない。一方、ハンナ･ウェルズ捜査官は マクリーシュが次期副大統領に任命される前に、陰謀に関与しているという証拠を集めようと必死になる。

カークマン大統領は、議事堂爆破事件に関する衝撃的な情報を発見した後、ホワイトハウス内に裏切者がいるのではないかと考えていた。エミリーには信を置いているカークマンは、彼女に秘密裏に捜査をさせることにする。一方、マクリーシュ議員に関する新たな情報が浮上。マクリーシュが副大統領に立候補することに懸念が生じる。

連邦議会議事堂の階段で起こった銃撃事件から立ち直りつつある中、エミリーはホワイトハウス内に裏切り者がいるかもしれないということを知り苦悩する。一方、FBIのハンナ・ウェルズ捜査官は議事堂爆破事件の背後にある陰謀について、彼女が何をつかんでいるかを明らかにしようとしていた。

陰謀が次々と明らかになるたびに、捜査の輪は狭まっていく。一方、疑惑渦巻くホワイト・ハウスではアーロンとエミリーの間で一色即発の事態となっていた。FBIでは、ウェルズ捜査官が着々と真実へと近づいていた。

ホワイト・ハウスでの記者会見で、記者の一人が、機密情報が漏洩していることを公開してしまい、セスはその後始末に追われる。一方、ハンナはマクリーシュと陰謀との間にあるつながりがあることを探り当てる。

アフリカの混乱により、カークマン大統領は望まない相手に助けを求めざるを得なくなる。一方、議事堂爆破事件に関するハンナの捜査は、予期せぬ事態に直面する。ホワイトハウスでは、エミリーが、チーフ・スタッフとしての新たな役割を得る一方で、アーロンは難しい選択を迫られる。

カークマンは、大統領としての再出発を図るために新たな政策を発表することになるが、アレックスは、議論を呼ぶような公式声明を作成し、出鼻をくじいてしまう。一方、ハンナ・ウェルズ捜査官は、真実に近づくにつれて危険な罠にはまってしまう。

カークマン大統領は、初の法案が可決されるべく、思いも寄らない盟を結ぶ。一方、リッター捜査官は、FBIのハンナ・ウェルズ捜査官から、新たに持ち上がる国家に対する危機について説明を受けていた。

カークマン大統領が新たな最高裁判所の取りまとめに奮闘している中、FBIハンナ・ウェルズ捜査官は予想もしなかった事実にたどり着く。一方、セス・ライトは、中東から爆発事件についての記事を持ち帰ってきたエイブ・レナード記者と対決しなければならなくなる。

カークマン大統領が副大統領を候補者の中から選ぼうとしているさなか、キンブル・フックストラテンは、自分がスキャンダルに巻き込まれていることに気がつく。ウェルズ捜査官とジェイソン・アトウッドはノースダコタから新しい指揮官を迎えることになる。一方、エイブ・レナード記者の取材は思わぬ局面を迎えていた。

カークマン大統領にとって初の国際サミットへの出席が控える中、ホワイトハウスは準備に追われている。キンブル・フックストラテンは、自身の発言権を疑問視されるなど、今まで経験したことのない厳しい政争に直面していた。一方、アレックスは子どもたちをワシントンに連れ帰るかどうかで悩んでいた。

カークマン大統領にとって初めてのサミットは、エイブ・レナード記者の爆発事件についての記事により思わぬ方向へ向かう。一方、ハンナ・ウェルズ捜査官は、陰謀の次なる標的を探り当てる。

息詰まる日々がついに終わるのか。一連の陰謀で、最終攻撃が企てられていることを知ったハンナ・ウェルズは、それを食い止めようと奔走する。一方、カークマン大統領は全ての陰謀の背後にいる黒幕を突き止めようと国を挙げての捜査を許可する。

カークマンが首都を再建し、アメリカに壊滅的打撃を与えたテロリストとの戦いの最高司令官として米国大統領に就任して1年がたった。そして、ウクライナの国家主義者によるロシア航空機ハイジャック事件が発生。カークマン大統領の外交手腕が試される人質事件に発展する。

FBI捜査官ハンナ・ウェルズがついにパトリック・ロイドに迫る。しかし、大統領がホワイトハウス付の記者団との夕食会の最中に行動を起こすことを決断する一方で、国土安全保障理事会のメンバーが計画を狂わせる恐れが出てくる。

カークマン大統領は無数のアメリカ国民を死に追いやるウィルスの大流行を食い止めようと奔走する。一報で、FBI捜査官のハンナ・ウェルズとM16（秘密情報局）のエージェントであるダミアン・レネットは、大統領一家の運命を左右する証拠を掴む。

アメリカとメキシコの国境で、メキシコからの輸入をめぐる紛争が勃発し、メキシコ国民が銃撃される。これによって、2国間の緊張は高まる。カークマン売国大統領たちは、これを解決し、新たな貿易協定を結ぶべく、迅速に行動することを迫られる。

上院議員がニュース番組に出演し、大統領との私的な会話について事実を曲げて放送してしまったことで、カークマン大統領は国民の信頼を取り戻さなければならなくなる。一方、MI-6エージェントのダミアン・レネットはFBI捜査官のハンナ・ウェルズが率いる捜査に加わり、国をまたいで発生している殺人事件の捜査を行うことになる。

密偵システムを積載した米国海軍の艦船が敵地の海域で座礁したことで、カークマン大統領は座礁艦の救出に向けて交渉を行うことになる。万が一、艦船が敵の手に落ちることになれば、米国の安全保障に甚大な打撃を与えることとなる。一方、首席補佐官であるエミリー・ローズが幼少時代に交流のあった人物と再会する。

トルコの活動家が米国内で抗議活動を行う中、トルコ大統領は彼の引渡しを求める。一方、米国大統領一家は知らぬ間に、闘争の只中に置かれてしまう。それは、息子レオ･カークマンの未来を脅かすものだった。

アフガニスタンへの秘密作戦を実行に移す一方で、カークマン大統領は二人の悪名高い軍人に会う。カークマン大統領は、米国に管轄を引き渡すに当たり誰が信用できるのかを判断する必要があった。一方、セスは彼の仕事、評判、そしてホワイトハウスの未来を賭け、ワシントンDC警察に駆け込む。

大統領宛に何かしらのリクエストを記した何千もの手紙の整理には、三人のホワイトハウス職員が割り当てられていたが、エミリー、セス、アーロン、リオア、そしてケンドラが加わり、ある問いへの答えを探す。これにより、人の命を助けられるかもしれないのだ。一方、ハンナとダミアンの捜査は大統領夫人を憤慨させるが、ハンナは自分が想像したよりも真実に近づくこととなる。

クリスマスの日、カークマン大統領は、山火事の際に避難を拒んだ過激派の宗教団体がいるという知らせを受ける。エミリーとアーロンを派遣し、事態の収束を図る。カークマン大統領は危機にさらされた多くの命を救うため、迅速に行動する必要があった。一方、大統領夫人はFBIの捜査への証言をようやく終えたが、その後の起こったことが、大統領一家の運命を永遠に変えてしまう。

妻・アレックスが自動車事故で死んでから10週間がたった。カークマン大統領の側近達は心の傷を癒すために専門家の助けを借りるべきだと提言する。カークマン大統領は躊躇しながらも、アダム・ラウデン博士（ティモシー・バスフィールド）に会う。一方、FBI捜査官のハンナ・ウェルズとアーロン・ショアは貿易大使の一団に加わりキューバへ赴く。しかし、これも計画通りには行かなかった。多くの命が危機にさらされる中、カークマン大統領は自身も不安定な心を抱えたまま最高司令官としての役割に挑むことを決心する。

宇宙空間で立ち往生してしまった宇宙飛行士たちに水を届けるためのミサイルがハッキングされたことで、カークマン大統領はロシアと協力することとなる。カークマン大統領はアンドレア・フロスト博士（キム･レーバー）に助けを求め、このハッキング事件の黒幕を調べる。一方、ハンナは再びダミアンと仕事をすることになる。

カークマン大統領の刑務所訪問の事実がマスコミに漏洩する。ホワイトハウスの政務官達はこの影響を最小限に食い止めようと奮闘する。一方、ホワイトハウスで行われたデモは予想外にも大統領と深い関係があることが発覚する。

突如襲った停電が政府を閉鎖の危機へと追い込み、首都ワシントンで多くの混乱を招く。カークマン大統領はエレノア・ダービー市長（アーンジャニュー・エリス）と共に混乱の収束を図るが、深刻な事態はこれだけに留まらなかった。

東西の緊張が高まる中、カークマン大統領は平和条約の調停を行うために、キャンプ・デビッドへと向かう。一方、ワシントンでは、セスとエミリーが彼らの関係を良く見極め、今後のことを決めようとしていた。

カークマン大統領とスタッフ達は、信頼できる筋から放射能爆弾が米国内にあるとの情報を得る。この爆弾を見つけ、爆発を防ぐため、彼らは一か八か賭けに出る。一方、ホワイトハウスでは、エミリーがチャックをたきつけ、違法で、恐ろしい結果を招きかねないことをやろうとしていた。

ワシントンの地下鉄の駅で起きた爆発事件により、カークマン大統領はクナミに対して戦争を宣言する。クナミの首長は交渉のために使者を送ってくるが、FBI捜査官のハンナ・ウェルズはその首長が悲惨な結果をもたらす何かを隠していることを知る。

カークマン大統領が内密に受けているセラピーの内容の漏洩が続くため、ダービー副大統領は密かに政務官達と会合を開く。そして、大統領の過去を調べるために、弁護士であるイーサン･ウェスト（マイケル・J・フォックス）を雇うことになる。そして、この男が 将来最高司令官であるカークマン大統領の未来に大きな影響をもたらすこととなる。

イーサン･ウェスト弁護士（マイケル・J・フォックス）はカークマン大統領の側近たちを呼び寄せ、いよいよ捜査を始める。

カークマン大統領は海外で拘束されている米国人の解放を交渉することとなる。一方、弁護士のイーサン・ウェスト(マイケル・J・フォッス)は、調査を続けていた。

大統領上級顧問のケンドラ・デインズは、他のスタッフの命を危険にさらしたことにより、自身が窮地に陥ってしまう。一方、ハンナ・ウェルズはある問いへの答えを掴むべく行動していた。

カークマン大統領がハッキング事件と議会の捜査に対応している時、ある自然災害が2人のホワイトハウス職員の命を脅かしていた。一方、カークマン大統領は誰も想像しなかった意外な発表を行い、人々を驚かせる。